Система школьного образования, которой руководит Отдел Образования Нью-Йорка (the New York City Department of Education) – самая большая в США. Около 1,1 миллиона студентов обучается в 1 200 школах первой и второй ступени. Также существует около 900 религиозных школ в городе, в том числе и самые престижные частные школы в США. Хотя Нью-Йорк часто считается городом колледжей, в университетах обучается около 594 000 студентов. В 2005 г. три из пяти жителей Манхеттена заканчивали колледж, а один из четырех заканчивал магистратуру в университете, в результате чего концентрация образованных людей в городе – самая большая в США. Государственное образование после завершения второй ступени обеспечивает обучение в Городском Университете Нью-Йорка (the City University of New York), третья по величине бесплатная университетская система, и Институт Технологии (the Fashion Institute of Technology), часть Государственного Университета Нью-Йорка (State University of New York). В Нью-Йорке также находятся такие известные частные университеты, как Барнард Колледж (Barnard College), Университет Колумбии (Columbia University), Купер Юнион (Cooper Union), Университет Фордхем (Fordham University), Университет Нью-Йорка (New York University), Новая Школа (The New School) и Университет Йешива (Yeshiva University). В городе несколько десятков других, менее крупных, частных колледжей и университетов, в том числе религиозные и узко специализированные, такие как Университет Сент-Джонс (St. John's University), Школа Джуллиарда (The Juilliard School) и Школа Визуальных Искусств (The School of Visual Arts).
Многие научные исследования, проводимые в городе, посвящены медицине и жизни. В Нью-Йорке выпустил больше студентов, получившими социальные профессии, чем любой другой американский город, в частности, это 40 000 врачей и 127 Нобелевских лауреатов. Город – второй по спонсированию Национальным Институтом Здоровья (National Institues of Health).
Среди крупных биомедицинских исследовательских университетов Раковый Центр Слоун-Кеттеринг (Memorial Sloan-Kettering Cancer Center), Университет Рокфеллера (Rockefeller University), Медицинский Центр SUNY Даунстейт (SUNY Downstate Medical Center), Медицинский Колледж Альберта Эйнштейна (Albert Einstein College of Medicine), Медецинская Школа Маунт Синай (Mount Sinai School of Medicine) и Медицинский Колледж Вейла Корнелла (Weill Cornell Medical College).
Государственная Библиотека Нью-Йорка (the New York Public Library) с самой большой базой книг в стране обслуживает Манхеттен, Бронкс и Стейтн-Айленд.
В Квинсе есть собственная Государственная Библиотека Района Квинс (the Queens Borough Public Library), вторая по величине в стране, а в Бруклине – Государственная Библиотека Бруклина (Brooklyn Public Library). Государственная Библиотека Нью-Йорка имеет несколько исследовательских центров, в том числе Исследовательский Центр в Шомбурге, занимающийся изучением черной магии.
Также в Нью-Йорке находится большинство элитных частных школ страны. В том числе это Школа Бреарли (Brearley School), Школа Дальтона (Dalton School), Школа Спенса (Spence School), Школа Браунинга (Browning School), Школа Чапин (The Chapin School), Школа Найтингейл-Бемфорд (Nightingale-Bamford School), и Монастырь Святого Сердца (Convent of the Sacred Heart) на востоке в Верхнем Манхеттене; Университетская Школа (Collegiate School) и Школа Тринити (Trinity School) в Верхнем Западном Манхеттене; Школа Орас Манн (Horace Mann School), Школа Этической Культуры Филдстон (Ethical Culture Fieldston School) и Школа Ривердейл Кантри (Riverdale Country School) в Ривердейле, Бронкс; Академический Университет Рабочих (The Packer Collegiate Institute) и Школа Святой Анны (Saint Ann's School) в Бруклин-Хайтс, Бруклин.
