В последние годы город сосредоточен на снижении отрицательного влияния на окружающую среду. Большое количество веществ, загрязняющих атмосферу, привело к увеличению числа больных астмой и другими заболеваниями дыхательных путей среди жителей города. Правительство города требует покупать только экологически безопасное оборудование для использования в офисах и домах. В Нью-Йорке используется самый чистый дизель и сжатый натуральный газ. Правительство города выступило истцом в деле Массачусетс и Защита Окружающей Среды, в результате рассмотрения которого Высший Суд принудил ЕРА отрегулировать использование газов как загрязнителей окружающей среды. Также город является лидером в постройке зданий с так называемыми зелеными офисами, включая Херст Тауэр (Hearst Tower).
Нью-Йорк снабжается питьевой водой из защищаемых водохранилищ в Катскил-Маунтайнс (Catskill Mountaions). В результате естественного процесса очищения воды Нью-Йорк стал единственным из четырех самых крупных городов США, где вода достаточно чиста для того, чтобы ее можно было пить без дополнительной обработки.
